自分が借りているレンタルサーバにJoomla!3.6.5を新規にインストールし、(htaccessを).htaccessにリネームしてサイトにアクセスしたところインターナルサーバーエラーが発生。
以前のバージョン（3.0.0？）の.htaccessファイルと比較すると以下の行が追加されていた。
IndexIgnore *
Options -Indexes
1行目はディレクトリにindex.html(やその代替) ファイルが見つからない場合に、ディレクトリの一覧を表示させないための設定で
2番目は同様の場合に403 Forbiddenを返す設定のようだが
後者でエラーが出たようだ。IndexIgnore *が効いていればとりあえず問題ないのでOptions -Indexesはコメントアウトした。