MMDのファイル(pmm)を開いたら物理剛体とともに物理演算影響下のメッシュが消えていることがあります。 必ず修復できるかはわかりませんが、以下の状況で修復できることがあります
状況
物理演算(P)がオン/オフモード(O)の状態で、一連のモーション※1の途中で、ファイルを保存した
ファイルを開き直すと剛体ごとメッシュが吹っ飛んでいる
修復方法
一連のモーションの開始フレームに戻り、物理演算しない(N)にして保存
ファイルを開き直し、物理演算をオンにして実行すると、修復されていることが確認できる。
pmmを保存するときは、物理演算しない(N)にして、一連のモーションの先頭フレーム位置にしておくことを習慣にしておくことで、物理がすっとぶ確率は減るのではないかと思います。
再度検証したら、一連のモーションの先頭フレーム位置にしておくことは必須ではなかった（物理演算しない(N)で保存しておけば基本的に剛体がすっ飛ぶことはない）。
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※1 一連のモーションは、先頭フレームが０でなくてもよいです。 前のモーション（M1とする）のあとに50フレーム程度何もキーフレームが打ってない部分があり、その後始まるモーション（M2）がある場合、 M2の最初のフレーム位置が、開始フレームと考えて下さい。この場合、開始フレームより前の位置であれば良いみたいです。（開始位置が100なら75で保存とかでOK）